Des virus pour lutter contre l’antibiorésistance

Soigner grâce à des virus, c’est possible ! C’est le principe de la phagothérapie, qui doit son nom aux bactériophages. Ces virus s’en prennent aux bactéries en leur injectant leur propre génome, ce qui altère leur fonctionnement. Au lieu de se reproduire, les bactéries se mettent à fabriquer des phages et finissent par exploser. Elles libèrent ainsi de nouveaux virus qui se multiplieront à leur tour.

À partir d’un phage, on obtient donc facilement des milliers d’autres virus qui s’attaquent tous aux bactéries. Résultat : ces dernières sont détruites rapidement. Ces virus sont inoffensifs pour les cellules humaines car ils se fixent uniquement sur les bactéries. Les phages utilisés dépendent de l’infection bactérienne. Dans le cadre d’un traitement, il est donc nécessaire de sélectionner ceux qui agiront sur les bactéries visées.

Les dangers de l’antibiorésistance

La phagothérapie n’est pas une découverte récente : elle était déjà utilisée au XXe siècle en France, comme dans de nombreux autres pays (1). Si son déclin repose sur plusieurs raisons, l’usage des antibiotiques l’explique en partie.

Après avoir quasiment disparu pendant quelques décennies, les phages reviennent dans le domaine médical. Ce regain d’intérêt est lié à l’augmentation de la résistance aux antibiotiques, qui est à l’origine d’1 million de morts dans le monde chaque année. D’après les prévisions scientifiques, le nombre de décès pourrait atteindre les 10 millions en 2050. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) considère aujourd’hui l’antibiorésistance comme l’une des principales menaces pesant sur la santé.

Sans être une solution miracle, la thérapie phagique pourrait permettre de contourner l’antibiorésistance. Face à ce problème de santé publique, elle est désormais envisagée comme un complément sérieux aux antibiotiques. Les phages ont ainsi fait leur apparition dans la Pharmacopée européenne en 2024 (2).

Phagothérapie : où en est-on en France ?

Depuis quelques années, des projets de recherche émergent autour des phages. En France, des dizaines de personnes ont déjà bénéficié de cette thérapie, dont la majorité aux Hospices Civils de Lyon (HCL) (3). Il s’agit essentiellement de patients atteints d’infections ostéoarticulaires pour lesquels les traitements n’aboutissent pas. Les bactéries responsables de leurs infections ont développé une grande résistance aux antibiotiques. Ces situations débouchent souvent sur une perte d’autonomie des personnes, voire une amputation du membre concerné.

« Quand ce premier traitement avec antibiotiques ne fonctionne pas, les patients développent des infections chroniques de plus en plus compliquées. Cela représente un coût social et sociétal important car les personnes sont hospitalisées et arrêtent de travailler. Elles ne retrouvent plus de vie normale », explique le professeur Frédéric Laurent, chef de service de l’Institut des agents infectieux aux HCL.

Face à l’inefficacité des traitements, la phagothérapie constitue parfois une alternative salutaire. Pour l’heure, ces médicaments ne disposent pas d’une autorisation de mise sur le marché. Les phages sont autorisés par l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) via un accès compassionnel. Ce cadre est indiqué pour traiter les infections graves et en impasse thérapeutique.

Utiliser les phages en complément des antibiotiques

Impliqué dans la recherche sur la phagothérapie depuis dix ans, le Pr Frédéric Laurent pilote aujourd’hui un projet de recherche intitulé Phag-one. Le but de ce programme est de créer des traitements à base de phages afin de lutter contre des infections bactériennes. Les virus sélectionnés sont actifs sur trois espèces de bactéries particulièrement résistantes aux antibiotiques : deux types de staphylocoques et Escherichia coli.

Les bactériophages sont présents dans tous les écosystèmes, et particulièrement dans les eaux usées. Après les avoir trouvés et isolés, il faut choisir les virus les plus intéressants, ceux qui seront actifs sur le plus de souches bactériennes possibles. Plusieurs phases se succèdent : la production et la purification du produit avant de le conditionner dans un flacon.

À terme, le Pr Frédéric Laurent espère utiliser les phages en complément des antibiotiques. L’alliance des deux a montré plus de bénéfices que chaque traitement utilisé séparément. « Sur les infections ostéoarticulaires, on sait qu’on a environ 15 à 20 % d’échec avec les antibiotiques. On verra ce que les essais cliniques montreront. Mais si on arrive à utiliser d’entrée les antibiotiques et les phages, on n’aura peut-être plus que 2 à 5 % d’échec », espère le microbiologiste.

« Il y a de plus en plus de bactéries multirésistantes pour lesquelles on ne sait plus quelles thérapeutiques utiliser. Il y a 15 ans, je rencontrais cela une fois par mois, voire une fois tous les deux mois. Actuellement, c’est deux à trois fois par jour », ajoute-t-il.

La thérapie phagique permet deux cas de figure : soit une préparation « cocktail » avec un traitement global pour tous les patients, soit un traitement sur-mesure. Dans la première situation, les phages utilisés seraient actifs sur de très nombreuses souches bactériennes pour couvrir un grand nombre d’infections. Dans le deuxième cas, les phages seraient sélectionnés pour répondre à l’infection bactérienne d’un patient spécifique.

Une production publique de phages thérapeutiques

Le projet Phag-one a également pour but la création d’un établissement public du phage. Cette plateforme située à Lyon serait à même d’approvisionner les hôpitaux français en phages thérapeutiques. « De la recherche dans les eaux usées jusqu’au flacon, toute la production serait publique », annonce Frédéric Laurent.

À l’inverse des molécules, les phages ne peuvent pas être brevetés. Cela fait de la phagothérapie une stratégie peu rentable pour les industriels qui chercheraient à investir. Les entreprises ne se sont donc pas encore tournées vers la production de phages.

Charlotte Brives, anthropologue des sciences et de la santé, prend également part au projet Phag-one. Elle milite en faveur d’une production publique. « C’est une véritable chance que l’industrie n’y soit pas allée car cela permet d’imaginer d’autres modèles. Le public permet à la fois de relocaliser la production et d’avoir une maîtrise des coûts et une offre de soins accessible au plus grand nombre. On s’assure également qu’on n’aura pas de problème écologique comme ceux liés à l’usage des antibiotiques car on fera plus de sur-mesure à l’hôpital. »

La prochaine étape sera donc de dépasser le stade de la recherche pour développer une production. Les chercheurs espèrent aujourd’hui obtenir assez de financements pour pérenniser ce projet et faire de la phagothérapie une vraie alternative contre l’antibiorésistance.

(1)    L’usage de cette thérapie s’est maintenu dans certains pays d’Europe de l’Est.
(2)    La Pharmacopée européenne est un recueil de normes concernant les médicaments. Elle offre un cadre concernant l’usage de la thérapie phagique.
(3)    Depuis 2017, environ 70 patients des Hospices Civils de Lyon ont été traités via la phagothérapie.