Congés payés et arrêts maladie : comment appliquer les nouvelles règles ?

Jusqu'en 2023, le droit du travail français fonctionnait selon la logique suivante : lorsqu'un salarié était absent pour maladie (hors maladie professionnelle ou accident du travail), il n'acquérait pas de congés payés. De même, lorsqu'une maladie survenait pendant une période de vacances, les jours de congés continuaient à être décomptés.

Un droit au repos établi par l’Union européenne

Un changement de règle couvait depuis 2009, en raison de l’adoption du Traité de Lisbonne. Ce texte a rendu directement applicable dans le droit national un droit au repos¹ pour tous les travailleurs de l’Union européenne. 

Ce n'est pourtant qu'à partir de septembre 2023 que plusieurs décisions de la Cour de cassation ont été rendues amenant le législateur français à se mettre en conformité avec le droit européen. La loi du 22 avril 2024 est venue inscrire ces évolutions de la jurisprudence dans le Code du travail.

Comme le résume Arnaud Teissier, avocat associé chez Capstan : « L’interprétation du juge - européen comme national - a conduit à faire prévaloir le droit au repos sur tout ». Selon cette logique, un salarié en arrêt maladie ne peut être privé de son droit au repos du seul fait de sa maladie.

Deux conséquences majeures en découlent :

• les salariés continuent d'acquérir des congés payés pendant leurs arrêts maladie (Cour de cassation, chambre sociale, 13 septembre 2023),
• les congés interrompus par une maladie peuvent être récupérés (Cour de cassation, chambre sociale, 10 septembre 2025).

Pour les employeurs, il ne s'agit pas seulement d'une question de calcul des congés. C’est un changement de doctrine juridique qui distingue les congés payés, (une période de repos), des arrêts maladie (période de rétablissement).

Acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie : les règles à connaître

Depuis la loi du 22 avril 2024, les salariés acquièrent :

• 2 jours ouvrables de congés payés par mois en cas d’arrêt maladie de droit commun ;
• 2,5 jours par mois en cas d’arrêt consécutif à un accident du travail ou une maladie professionnelle.

Acquisition des congés : les questions en suspens

La nouvelle règle était-elle applicable à partir de 2023 ou dès 2009 ? La question de la rétroactivité et ses conséquences financières était le point d’attention principal des entreprises, puisque le droit au repos était en vigueur depuis 2009. De fait, quelques contentieux ont été traités et des salariés ont pu faire reconnaître leurs droits à récupérer des congés ou une indemnisation sur des périodes entre 2009 et 2023. Mais ce type d’affaires ne devrait plus se reproduire en raison de la loi du 24 avril 2024. Celle-ci a laissé deux ans aux salariés concernés pour entamer une procédure. Ce délai dit de forclusion est intervenu le 24 avril 2026.

Le risque de contentieux, antérieur à 2024 persiste dans un seul cas. « Le délai de forclusion n’est pas encore expiré pour les salariés qui ont quitté les effectifs avant le 24 avril 2024 », explique Vanessa Delattre, avocate associée du cabinet Fromont-Briens. La loi leur a donné une année supplémentaire pour faire reconnaître leurs droits.

Combien de temps le salarié a-t-il pour utiliser ses congés, après un arrêt ? Les congés acquis pendant un arrêt long devront être pris dans un délai de quinze mois, à partir de la date de reprise du travail. Au-delà, ils seront perdus. « Encore faut-il que le salarié ait été informé de ses droits acquis et de ce délai de report », précise Laetitia Pierre, avocate counsel² du cabinet Fromont-Briens. Certains contentieux montrent que l’employeur doit prouver qu’il a respecté son obligation d’information, faute de quoi, les congés perdurent au-delà de ces quinze mois.

Et si un arrêt dure plus d’un an ? La loi de 2024 à prévu un mécanisme pour éviter que le stock de congés accumulés durant l’arrêt ne dépasse pas l’équivalent d’un an de congés payés (25 jours). « Si l’arrêt se prolonge au-delà d’un an, voire plusieurs années, le stock de congés est purgé progressivement, selon une période glissante », explique Arnaud Teissier. Le rythme auquel ces congés sont purgés reste encore un peu flou. Il faudra surveiller un éventuel arrêt de la Cour de cassation sur le sujet car aucune loi n’est prévue, à ce jour, pour préciser les conditions d’application. 

Arrêt maladie pendant les congés : le salarié récupère désormais ses jours

La deuxième grande évolution résulte des arrêts rendus par la Cour de cassation le 10 septembre 2025. Jusqu'alors, lorsqu'un salarié tombait malade pendant ses vacances, ses congés continuaient à être décomptés. C’est « la première cause d’absence qui s’appliquait », explique Maître Teissier.

Désormais, lorsqu'un salarié est placé en arrêt maladie pendant une période de congés payés, il peut récupérer les jours de congés correspondant à la période d'arrêt. Pour y prétendre, le salarié se doit de produire un arrêt de travail fournit par un médecin.

Congés interrompus par la maladie : les zones de flou demeurent 

« Si le principe de récupération des congés payés est désormais acquis, ses modalités pratiques restent largement à construire car le Code du travail n'a pas encore été adapté à cette nouvelle jurisprudence », selon Vanessa Delattre, du cabinet Fromont-Briens.

Plusieurs questions se posent :

• dans quel délai les congés doivent-ils être recrédités ? 
• quelle information l'employeur doit-il fournir au salarié ? 
• comment traiter les arrêts établis à l'étranger et quels justificatifs fournir ? 

Les avocats interrogés constatent que les contentieux restent relativement peu nombreux. Plusieurs raisons peuvent l'expliquer :

• la règle est nouvelle et encore peu connue des salariés ;
• un certain nombre de conventions collectives nationales prévoient déjà l’acquisition de congés payés pendant les arrêts maladie ;
• si l’arrêt est court, le délai de carence de trois jours peut dissuader un salarié en congés de déclarer son arrêt de travail, puisqu’il bénéficie sur la même période d’un congé payé ;
• L’absence du maintien de salaire, lorsque celui-ci n'est pas prévu par l'entreprise, peut avoir un effet dissuasif sur la déclaration de l’arrêt de travail. 

Pour les entreprises, l'enjeu principal consiste aujourd'hui à mettre en place des procédures claires de suivi des arrêts, d'information des salariés et de gestion des compteurs de congés.

1. L’entrée en vigueur le Traité de Lisbonne a eu pour effet, de rendre contraignante la Charte des droits fondamentaux de l’Union européenne qui établit ce droit au repos dans son article 31.
2. Avocat confirmé et expert d’un domaine, mais non associé au cabinet.