Microbiote intestinal : choisir la biodiversité alimentaire

Depuis 2001, les recommandations classiques du Plan National Nutrition Santé (PNNS) ne cessent de nous le rappeler : au moins 5 fruits et légumes par jour. Quand les beaux jours arrivent, difficile de ne pas se ruer sur les délicieux haricots verts frais qui, depuis leurs étals, semblent nous faire de l'œil et dont on s'empresse de faire des « cures » pendant tout l'été. D'autres préféreront le goût des jeunes carottes aux longues fanes qui, dorées à la poêle dans du miel, emballent les papilles. L'essentiel n'est-il pas de faire le plein de fruits et de légumes ? Oui, mais… nos préférences alimentaires, aussi louables soient-elles, peuvent parfois ne pas répondre à toutes les exigences de notre microbiote intestinal.

Biodiversité : un concept souvent réduit, à tort, à la diversité alimentaire

« Il est essentiel de faire la différence entre diversité alimentaire et biodiversité alimentaire, indique Émeline Roux, maître de conférences en biochimie alimentaire à l'Université de Rennes. La diversité alimentaire représente la consommation de grands groupes alimentaires comme les produits laitiers, les viandes, les fruits ou les légumes. La biodiversité alimentaire se constitue, elle, de chaque espèce biologique animale ou végétale consommée par une personne. »

Autrement dit, si une personne mange des brocolis, des choux et des radis, elle biodiversifie bien sa consommation de légumes, cependant ces 3 légumes appartiennent tous à la même famille, à savoir les crucifères. Il peut alors être intéressant de varier également les espèces végétales pour avoir la plus large palette de nutriments possibles. On pensera donc à mettre aussi dans son assiette les ombellifères (carotte, céleri, fenouil…), les cucurbitacées (concombre, courgette, potiron…) ou autres familles de légumes.

« C'est la biodiversité alimentaire qui permet de couvrir tous nos besoins », renchérit Deborah Maurer-Nappée, étudiante en master 2 Nutrition et sciences des aliments de l'Université de Rennes.

Le microbiote intestinal a besoin de biodiversité alimentaire pour être au top

Les aliments, une fois ingérés, impactent notre organisme, et ce jusqu'au cerveau, notamment via le microbiote intestinal. Ainsi, un régime monotone et ultra-transformé (faible apport en fibres, excès de graisses saturées, d'additifs et de sucres…) appauvrit le microbiote et aura des incidences sur l'ensemble de notre organisme.

« Mais des changements d'alimentation peuvent en quelques jours seulement modifier la composition de notre microbiote, note Émeline Roux. Après plusieurs mois, l'impact d'une alimentation biodiversifiée, d'après de nombreuses études, jouerait même sur notre bien-être mental. » De quoi susciter de l'espoir.

On sait que de nombreuses maladies chroniques (allergies, dépression, obésité et troubles métaboliques…) sont aussi liées à une diminution de la biodiversité du microbiote intestinal. Et si redonner à son microbiote ce dont il a réellement besoin permettait de recouvrer la santé ou, tout au moins, d'atténuer les symptômes de certaines pathologies ?

Fibres végétales : le carburant préféré de vos bonnes bactéries

Riches en fibres, les fruits, légumes, légumineuses ou céréales complètes sont de véritables alliés du microbiote intestinal. Ces fibres, que notre corps ne digère pas, servent de nourriture aux « bonnes » bactéries de l'intestin. Car le microbiote sait prendre le relais : le côlon abrite des milliards de bactéries qui, elles, possèdent les enzymes nécessaires pour décomposer les fibres.

« En les dégradant, ces bactéries produisent des acides gras à chaîne courte – comme l'acétate, le proponiate et surtout le butyrate – qui sont de petites molécules très bénéfiques pour la santé, souligne Deborah Maurer-Nappée. Le butyrate possède un effet anti-inflammatoire et renforce la barrière intestinale, empêchant ainsi certaines substances indésirables de passer dans le sang. » Outre un effet bénéfique sur la santé physique, le butyrate pourrait contribuer à améliorer la santé mentale. Ainsi, une étude transversale récente réalisée sur des sujets âgés a associé un apport plus élevé en butyrate (via l'alimentation) à de meilleurs résultats cognitifs (1).

Malgré leurs effets bénéfiques, les fibres sont encore par trop boudées des Français. Selon les chiffres sur l'alimentation actualisés en 2019 par Santé publique France, Près de 90 % des adultes de 16 à 54 ans n'atteignent pas les recommandations fixées à 30 à 40 g de fibres par jour. Envie de les réintroduire dans vos menus ? « C'est une sage décision, observe Émeline Roux, mais il faut le faire de manière progressive, sur plusieurs semaines, pour éviter les effets indésirables de leur fermentation dans le côlon. »

Les autres « super carburants » pour enrichir le microbiote intestinal

Les experts s'accordent sur tous les bienfaits liés à une alimentation riche en oméga-3, vitamines et polyphénols pour offrir un coup de pouce à son microbiote. « Il faut être tout particulièrement vigilant à respecter un bon équilibre entre oméga-3 et oméga-6, prévient Émeline Roux. Un déséquilibre en faveur des oméga-6 provoque un état inflammatoire dans l'organisme. »

Pour parvenir au rapport idéal, il suffit de réduire les sources d'oméga-6 dans notre assiette (huile de tournesol, de pépins de raisin ou de maïs) et d'augmenter toutes les sources d'oméga-3 (poissons gras comme le saumon, le maquereau, la sardine ou l'anchois, huile de colza, produits Bleu-Blanc-Cœur…).

Au-delà de leur atout « fibres », les fruits et les légumes regorgent de polyphénols. Les polyphénols, ces pigments naturels que l'on retrouve aussi dans le thé, le cacao et certaines épices, sont eux aussi les amis du microbiote intestinal. « Même si notre corps n'en absorbe qu'une petite partie, la majorité arrive intacte dans le côlon, où elle module sa composition en favorisant certaines bactéries bénéfiques, décrit la chercheuse. Celles-ci les transforment en molécules protectrices qui aident à réduire l'inflammation, renforcer la barrière intestinale et soutenir l'équilibre microbien. »

N'oublions pas non plus les vitamines et minéraux des fruits et légumes, micronutriments qui ont une influence directe sur le microbiote intestinal. Si vous souhaitez vérifier avec précision l'équilibre de vos menus, vous pouvez toujours consulter la table de référence de composition nutritionnelle des aliments.

Il n'y a pas de bien-être mental sans de bons nutriments

« Certains neurotransmetteurs, comme la sérotonine, l'acide gamma-aminobutyrique (GABA) ou la dopamine, ne peuvent pas être fabriqués sans les bons nutriments, pointe Émeline Roux. En réalité, notre alimentation fournit les "briques de base" qui permettent à l'organisme de produire ces neurotransmetteurs. » Neurotransmetteurs à ne pas négliger puisqu'ils jouent en quelque sorte le rôle de messagers de notre bien-être. Pour autant, ces neurotransmetteurs ne sortent pas de nulle part.

« Le corps les fabrique à partir de précurseurs, c'est-à-dire de petites molécules provenant surtout de notre alimentation, souligne Deborah Maurer-Nappée. Par exemple, la sérotonine, souvent appelée « hormone du bonheur » est fabriquée à partir du tryptophane, un acide aminé que l'on trouve dans les bananes, les produits laitiers, les œufs, la viande et le poisson. Le GABA, qui aide à calmer le cerveau, est produit à partir du glutamate, un acide aminé présent dans les produits laitiers, les produits de la mer et dans de nombreux aliments végétaux et céréaliers. » Enfin, la dopamine, liée à la motivation et au plaisir, est fabriquée à partir de la tyrosine, qu'on trouve notamment dans les produits laitiers, les avocats ou les légumineuses.

Ainsi, quand nous mangeons des aliments variés, riches en acides aminés, vitamines et minéraux, nous donnons à notre corps tout ce dont il a besoin pour fabriquer ces substances qui régulent notre humeur, notre stress, notre sommeil et notre bien-être en général. Les preuves d'interactions entre le microbiote et le cerveau se multiplient et de plus en plus d'études mettent en évidence des liens entre la composition du microbiote intestinal et les troubles psychiatriques (2) (3).

(1)    Higher dietary butyrate intake is associated with better cognitive function in older adults : evidence from a cross-sectional study, in Frontiers Aging Neuroscience, mars 2025.
(2)    Role of diet and its effects on the gut microbiome in the pathophysiology of mental disorders, in Translational Psychiatry, avril 2022.
(3)    Gut microbiota variations in depression and anxiety : a systematic review, in BMC Psychiatry, mai 2025.