Microbiote intestinal : comment en prendre soin ?

Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?

Longtemps appelé « flore intestinale », le microbiote intestinal désigne une communauté de micro-organismes (bactéries, virus, champignons, parasites) invisibles à l’œil nu. « Il s’agit d’un écosystème très complexe, car il contient des centaines d’espèces différentes, explique Benoît Chassaing, directeur de recherche en microbiologie à l’Inserm et responsable de l’équipe Interactions Microbiote-Hôte à l’Institut Pasteur. Certaines bactéries y sont très abondantes, d’autres beaucoup moins. Au total, on estime à près de 100 000 milliards le nombre de micro-organismes présents dans notre intestin. »

Par ailleurs, le microbiote a différentes fonctions au sein de notre organisme. « Il joue un rôle crucial dans la digestion des aliments et dans le bon fonctionnement de notre métabolisme, notamment parce qu’il permet la synthèse de certaines vitamines (la vitamine K(1), par exemple), précise l’expert. Il communique aussi avec notre système immunitaire en l’aidant à repérer et éliminer les mauvaises bactéries. »

Comment nous aide-t-il à lutter contre les infections ?

« En extrayant la majorité des calories des aliments que nous absorbons, les micro-organismes de notre microbiote empêchent les agents pathogènes (infectieux) de se nourrir et donc de coloniser notre intestin, explique Benoît Chassaing, directeur de recherche à l’Inserm et membre de l’Institut Pasteur. De plus, certaines bactéries amies sont capables de produire des molécules "tueuses" qui éliminent les bactéries pathogènes. »

Néanmoins, tous les agents pathogènes ne sont pas concernés. L’un des principaux virus à l’origine de la gastro-entérite, par exemple, appelé le rotavirus, n’est pas du tout impacté par notre microbiote. D’autres, en revanche, comme la bactérie Clostridium difficile, qui induit des coliques extrêmement sévères, y sont très sensibles. « Un individu qui possède un microbiote en bonne santé ne développera jamais cette pathologie, précise le scientifique. Inversement, lorsque le microbiote est altéré – parce qu’on suit une chimiothérapie ou un traitement antibiotique par exemple – cette bactérie est susceptible de s’installer. »

Quelles autres pathologies ont un lien avec le microbiote ?

La recherche a démontré un lien clair entre le déséquilibre du microbiote (appelé dysbiose) et la survenue de certaines maladies inflammatoires chroniques : la maladie de Crohn, par exemple, ou d'autres pathologies comme l'obésité ou le diabète de type 2.

Le microbiote intestinal entre aussi en jeu dans la santé mentale, ce qui lui vaut aujourd’hui l’appellation de « deuxième cerveau ». « On sait notamment qu’un microbiote altéré perturbe la production de sérotonine (l’hormone du bonheur), ce qui peut engendrer stress et anxiété, voire conduire à la dépression, précise Benoît Chassaing, directeur de recherche à l’Inserm. Il existe aussi très probablement un lien avec le développement des maladies neurodégénératives du type Parkinson, Alzheimer ou sclérose en plaques. »

Enfin, les chercheurs ont également démontré l’implication du microbiote dans la survenue de cancers. « Un microbiote altéré favorise l'inflammation chronique et dérégule le système immunitaire, ce qui peut avoir un effet sur le développement d’un cancer dans n’importe quel organe, même éloigné de l’intestin, indique le scientifique. Mais il existe aussi un impact sur des cancers dits « locaux » (le cancer colorectal par exemple), soit parce que certaines mauvaises bactéries entraînent des mutations de l'ADN, soit parce que l'inflammation chronique, là encore, favorise la production de cellules cancéreuses. »

Comment en prendre soin naturellement ?

Avoir une alimentation variée, riche et équilibrée est un facteur clé. Les aliments fermentés, par exemple, comme le yaourt, le fromage frais ou les légumes fermentés (le chou, entre autres) favorisent un microbiote diversifié. Par ailleurs, les fruits et légumes riches en fibres (les artichauts, les brocolis) ou les légumineuses (pois chiches, lentilles) nourrissent les bactéries intestinales et leur permettent de se développer.

« À l’inverse, les additifs alimentaires présents dans l’alimentation ultratransformée ciblent certaines bonnes bactéries de notre microbiote et favorisent l’apparition d’une inflammation chronique et d’une dérégulation métabolique, explique Benoît Chassaing, directeur de recherche à l'Inserm. C’est le cas des agents émulsifiants, tels que le E466, qui sont utilisés pour améliorer la texture des aliments et augmenter leur durée de conservation. On les retrouve dans le pain de mie, les brioches industrielles ou les glaces, par exemple. »

Toutefois, la recherche a montré que nous ne sommes pas tous égaux face aux agents émulsifiants. « Nous savons aujourd’hui prédire la sensibilité d’un individu à ces composés, grâce à la reproduction en laboratoire du microbiote intestinal de chacun, note l’expert. Dans un futur proche, l’analyse du microbiote pourra ainsi permettre de mieux choisir les aliments adaptés à sa santé, afin d’éviter la survenue de certaines pathologies. »

Quels sont les autres « ennemis » de notre microbiote ?

Outre l’alimentation ultratransformée, l'hygiénisme ambiant, qui s’est accentué pendant la période de Covid, a un impact sur la diversité et la richesse de notre microbiote. Car, les désinfectants et nettoyants utilisés avec excès dans nos lieux de vie éliminent aussi bien les bonnes que les mauvaises bactéries.

« Il existe des études qui ont analysé le microbiote de certaines tribus de chasseurs-cueilleurs, en Afrique, qui révèlent une diversité microbienne beaucoup plus grande que celle des individus vivant dans les pays industrialisés, témoigne le chercheur Benoît Chassaing. Certaines bactéries ont été identifiées, dont on ne savait même pas qu’elles pouvaient se trouver dans le microbiote. »

Le stress et la pollution sont d’autres facteurs délétères pour le microbiote, tout comme un usage abusif des antibiotiques, qui risque de réduire durablement la diversité microbienne.

Quels espoirs porte-t-il en matière thérapeutique ?

La transplantation fécale, qui consiste à prélever les selles d’un individu sain pour les transférer à un individu malade, ouvre aujourd’hui la voie à des avancées thérapeutiques majeures.

« Pour l’heure, elle est utilisée uniquement pour les infections à Clostridium difficile(2) et cela fonctionne extrêmement bien, souligne Benoît Chassaing, directeur de recherche à l'Inserm et responsable de l’équipe Interactions Microbiote-Hôte à l’Institut Pasteur. Néanmoins, certaines études sont en cours afin d’en étendre, éventuellement, l’utilisation clinique. Des chercheurs ont par exemple démontré que la difficulté de certains patients à répondre à un traitement anticancéreux pouvait avoir un lien avec leur microbiote. À l’avenir, la transplantation fécale pourrait ainsi être utilisée, en amont d’une thérapie anti-cancéreuse, pour faire en sorte que certains patients aient cette capacité à répondre à ces traitements. Nous n’en sommes pas encore là, mais c’est l’une des pistes que la recherche nous permet d’envisager. »

(1)    La vitamine K est essentielle pour réguler la coagulation sanguine.
(2)    La bactérie Clostridium difficile entraîne une inflammation du côlon et se traduit par une diarrhée modérée à sévère.